Dans un aquarium seulement trois gaz sont potentiellement toxiques : l'ammoniac, le méthane et l'hydrogène sulfuré.

■ L'ammoniac NH₃

Ce gaz est issu de la transformation par des bactéries des déchets organiques abandonnés sur le sol de l'aquarium dans un processus complexe qu'est le cycle de l'azote.

►  Consultez  ☛  Le cycle de l'azote

■ Le méthane CH₄

La production de méthane est le résultat de la fermentation des matières organiques végétales ou animales dans un milieu dépourvu de dioxygène comme le sous-sol d'un aquarium.

Pour éviter cette production gazeuse, le sous-sol ne doit pas contenir de matières organiques qui pourraient se décomposer dans l'aquarium comme des morceaux de bois ou de racines, ni de corps étrangers pouvant polluer le milieu en dégageant ultérieurement des gaz toxiques, ni de poches de gaz que nous éliminerons lors d'un entretien en perforant le sous-sol de point en point avec une fourchette.

Le glucose C₆H₁₂O₆Une sorte de sucre associé au gaz carbonique produit du méthane CH₄, la réaction de fermentation méthanique est la suivante :

C₆H₁₂O₆ + 3CO₂ ⇨ 3CH₄ + 6CO₂

■ L'hydrogène sulfuré H₂S

Ce gaz provient de la dégradation des protéines contenant du souffre, c'est un gaz acide ayant une odeur d'œuf pourri, généralement en provenance du sous-sol de l'aquarium.
Dans un aquarium normalement entretenu ce gaz n'apparait pas.